肉芽肿的治疗方案存在分歧，目前正处在“瞎子摸象”阶段。很早盛行的是用皮质激素治疗，泼尼松每日剂量30—40克。适于肿块小于4厘米直径的早期病例，即尚无脓肿和窦道阶段。激素治疗的特点是起效快，好。一段时间后减弱，减量或停药后迅速反跳，结果病情加重难以控制。文献中确是有康复的病例报告，但病例不多，随访时间不长，难以肯定远期。主要问题是皮质激素的很明显，兴奋感、中心性肥胖、糖耐量降低，骨质疏松乃至股骨头坏死。超过1个月以上长期服用激素不利于伤口愈合，增加手术中出血、皮质功能低下等风险。
肉芽肿是无菌性炎症，抗菌素是徒劳无益的，但是很多医生看见红肿、出脓，习惯性思维“发炎就消炎，消炎就用抗菌素”，于是盲目使用多种抗菌素，甚至用到泰能，多数情况下属于滥用和浪费。只有在白血球高、发热，考虑合并感染时才适当使用抗菌素。
任何一个病，当西医治疗困难时，总是给中医。中医是辩证施治，“有是证用是药”是中医普遍原则，不必分清是肉芽肿还是浆乳，异病可以同治，所以中医中药有广泛的市场。中药内服或外用，确实可以减轻一部分病例的病情，甚至可以暂时康复。治疗方法上，应当遵照疮疡的辩证法则，疡科前辈张山雷云：“疡科辩证，首辩阴阳，阴阳无缪，治焉有差”。
肉芽肿是慢性炎性疮疡，实属阴证，或阴中有阳，而绝非阳证疮疡，不宜重剂清热解毒，有人用柴胡剂疏肝活血，久服导致病人更加倦怠乏力，雪上加霜。有人重用山甲，临床也未能证实有效。我们建议采用紫草加阳和汤化裁，阳和汤是清代王洪绪治疗阴疽的名方，紫草降低泌乳素，抑制炎症。
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