牙周袋的形成机制是上皮向牙根迁移的结合，即病理性龈沟加深，发展为牙周袋。正常情况下，龈沟内有结合上皮，结合上皮附着在釉质牙骨质边界，也就是牙冠和牙根的交界处。如果发生炎症，如牙周厌氧菌、细菌和微生物引起粘结上皮的破坏，周围牙龈结缔组织的炎症反应导致粘结上皮向牙根迁移，形成牙周袋。
对于牙周炎患者来说，牙周袋的形成是与上皮向牙根的迁移相结合的，可能同时存在软组织和牙龈。专业术语是牙龈发炎、红肿，也会移动到牙冠。因此，临床上牙周袋的实际深度是由结合上皮向牙根的迁移，以及龈缘向牙冠的增生和红肿造成的。
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