肛周脓肿可由特异性和非特异性病因引起，非特异性的肛管直肠周围脓肿多由大肠埃希菌和厌氧菌混合感染引起。特异性肛管直肠周围脓肿临床较为少见，以结核杆菌感染为主。
一、主要病因
1、感染因素：临床中常见的感染就是肛管处肛腺的感染，由于腹泻时粪便进入并积存于肛隐窝内后，引发了肛腺的感染，继而向肛管直肠周围的间隙感染，继而形成肛周脓肿。
2、损伤后造成感染：由于直肠内异物或干结粪便经过直肠造成的损伤或者外伤导致了感染向深部组织扩散，划伤的肠黏膜由于局部病原菌较多继发感染，继而形成了肛周脓肿。
3、其他：肛门周围的皮肤毛囊或者汗腺出现了感染，这种感染形成的脓肿可归类为非瘘管性脓肿，因为来源并非在肛管内部的腺体，所以不会形成肛瘘。
二、诱发因素
1、肛门疾病：肛管或肛门损伤、肛裂时易引起感染，导致肛腺感染，引发肛周脓肿。
2、感染：结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病或艾滋病病毒感染，机体免疫力低下，容易引起感染出现肛周脓肿。
3、药物因素：长期服用激素类药物的患者，会导致机体自身免疫力下降，从而导致病原体的侵入，引发肛周脓肿。
4、饮食因素：好食辛辣食物及饮酒，辣及酒精等食物会刺激肛门肿胀，引起出血和疼痛，这会大大增加感染肛周脓肿的几率。
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