甲状腺穿刺细胞学检查优点非常多，可以早期发现和诊断甲状腺肿瘤，操作以及诊断的方法比较简便、、快速、敏感性好、确诊率高，并且几乎没有创伤，是其他手术检查难以比拟的。

甲状腺穿刺也有一些局限性，比如甲状腺穿刺比较难以区分甲状腺慢性的炎症和甲状腺淋巴瘤，另外，甲状腺滤泡状癌和滤泡细胞腺瘤，有时候也容易混淆。而且因为穿刺的技术和取材的限制，会有一定的假阴性。