肛瘘的主要鉴别诊断是患者近期是否出现红肿，热痛等现象，一般肛瘘患者都会有肛周脓肿的病史的。

通过肉眼可看到肛周皮肤上有外口，常常出现为单个，表现为红色乳头状突起，用手按压可以出现脓性分泌物有或带血的分泌物。

而肛门流脓、流粪是主要的表现,其他肛肠疾病是不会出现的。因分泌物的刺激，有时候患者会觉得有瘙痒感。

在触诊时可发现皮下有条索状肿物向肛门方向，并且在齿状线有相应部位出现瘘口是非常典型的临床症状。治疗时非常好的方式就是手术治疗。