阴茎的大小主要受遗传因素的影响。真正的男性阴茎短小症多见于先天性，少数为后天性。先天性睾丸发育不全症，又称克氏综合征。这类患者身材高大，阴茎短，睾丸小。虽然阴茎可以勃起，具有性欲、射精、遗精等正常性功能，但由于睾丸不能产生精子，精液中没有精子，因此没有生育能力。

阴茎短的危害主要是让这些人自卑，夫妻生活可能不愉快。因此，我们必须通过学习性生活技能来解决心理自卑，填补的短缺或通过手术来弥补。

阴茎短常伴有男性第二性征。)发育不全或逐渐退化，精神萎靡，全身虚弱，缺乏男性阳刚之气；阴毛稀少，性欲下降，或阳痿、早泄等性功能障碍。