在治疗念珠菌时，医生需要根据患者所表现出来症状与身体状况进行选择相应的治疗方法。由于男女患者所表现出来的症状是有所不同，因此在治疗方法也是有所不同。
女性的念珠菌主要表现为外阴阴道念珠菌病以及复发性外阴阴道念珠菌病，其中治疗方法也是具有差异性。
，外阴阴道念珠菌病
这种主要治疗方法是采用局部用药，由于咪唑类抗真菌药比制霉菌素效果好，因此大多数患者都会接受咪唑类抗真菌药。经过一定药治后，80%-90%的患者就会缓解甚至消失病情，在进行复查下能够发现念珠菌呈阴性。
因此女性患者可以每日1-2次使用3%碳酸氢钠溶液冲洗外阴阴道或1：5000龙胆紫溶液灌注阴道，又或者进行制霉菌素栓剂或咪唑类抗真菌药栓剂，如克霉唑，咪康唑，益康唑，布康唑，每晚一枚，塞入阴道深处，共1-2周。假若患者还会伴有外阴炎，就需要外如克霉唑霜，咪康唑霜，益康唑霜，酮康唑霜或联苯苄唑霜等涂咪唑类抗真菌制剂。
假若女性患者采用上述的方法但发现不大，则还可以内服下列药物：①酮康唑，每日400mg，共5天;②氟康唑150mg单剂量一次口服;③伊曲康唑200mg，每日2次或200mg每日一次，连服3天。
第二，复发性外阴阴道念珠菌
女性患者还会伴有这种疾病，由于其疾病的流行性的特点以及影响客观存在的发病因素尚未清楚，因此对于这种疾病尚未有很好的治疗方法。患者可以做好预防或者保持系统性抗真菌治疗，从而能够有效减小其疾病的复发率。
而男性的主要表现症状是念珠菌性龟头炎，则男性患者主要就是依靠抗真菌感染药物，可以每日2-3次使用生理盐水或0.1%雷佛奴尔溶液冲洗皮损处。在冲洗后还需要外涂1%-2%龙胆紫液或上述咪唑类霜剂，包皮过长者后就需要及时进行包皮环切术防止疾病再次发生。假若男性患者还出现尿道炎者就需要内服酮康唑、氟康唑或曲康唑。
因此，女性患者治疗原理主要就是改变阴道的酸碱度，促使阴道环境偏于碱性，造成不利于念珠菌生存的条件，并同时使用杀菌药物。而男性患者主要依靠抗真菌感染药物。虽说治疗念珠菌的药物有许多，但这些药物大多数都会带来如胃肠道反应、肝毒性、白细胞减少症及其他严重的变态反应等，因此患者在进行药物治疗时还需要在医生或者药师的指导下才能够服用。
