南京作为一座历史悠久且医疗资源丰富的城市，对于尖锐湿疣的治疗，患者可以选择多家知名的医院。其中，中国医学科学院皮肤病医院、南京优嘉病毒疣医学研究所、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院以及东部战区总医院等都是在治疗尖锐湿疣方面具有较高声誉的医院。

当面临选择哪家医院治疗尖锐湿疣时，患者可以从以下几个方面进行考虑：

首先，医院的专业性和经验是关键。这些知名的医院在性病科或皮肤科领域拥有丰富的临床经验和更好的治疗技术，能够提供高质量的医疗服务。

其次，医生的专业水平和经验也是选择医院的重要因素。患者可以通过查询医生的职称、学历、从业年限等信息，以及了解医生在尖锐湿疣治疗方面的专业背景和临床经验，来评估医生的专业水平。

此外，医院的设施和设备也是评估医院实力的重要标准。更好的医疗设备和技术能够更准确地诊断病情，提高治疗效果。

除了以上因素，患者还可以考虑医院的服务质量和口碑。良好的服务质量和口碑能够体现医院对患者的关心和责任，也能够为患者提供更加舒适和安心的治疗环境。

在选择医院时，患者还可以参考一些经验丰富的医院排名和评价信息，以便更加全面地了解各家医院的实力和优势。但需要注意的是，排名和评价信息仅供参考，不能作为仅有的选择依据。

然后，患者需要根据自己的实际情况和需求进行选择。不同的医院和医生在治疗尖锐湿疣方面可能采用不同的治疗方案和方法，患者需要根据自己的病情和身体状况选择更适合自己的治疗方案。

总之，在选择南京哪家医院治疗尖锐湿疣时，患者需要综合考虑医院的专业性、有效性、医生的专业水平和经验、医院的设施和设备、服务质量以及口碑等多个因素，以便选择到更适合自己的医院和医生。