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头颈部癌症多与吸烟和饮酒有关，但较近的研究显示，60%-70%的口咽癌与HPV有关。生殖区域的HPV病毒同样能够感染到口腔，研究发现7%的人都有口腔HPV感染，其中男性感染数量是女性的3倍。致癌性HPV感染到口腔时可能引起口咽癌(oropharyngealcancers)。
在70%的口咽癌是由HPV感染引起的，其中HPV-16导致的为60%。
HPV主要通过性接触传播，口腔黏膜感染途径尚未明确，目前推测的有3种可能性：
1)产道传播
目前有发现在分娩过程种新生儿感染了来自母体生殖道的HPV，出现喉部复发性呼吸道乳头瘤，但口腔黏膜HPV感染是否能从新生儿期持续到成年还需证实。
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2)自体传播
生殖道HPV阳性妇女的口腔黏膜感染HPV风险较高。患上生殖疣男性个体出现口咽部肿瘤风险增加2倍，推测是由于不注意手部卫生，由手到口的传播。
3)K交传播
口-生殖直接接触是口腔HPV感染的主要途径。有K交经历的口咽癌患者肿瘤组织种HPV检出率远高于无K交经历的患者肿瘤样本。
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