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儿童矮小症的成因复杂多样，涉及遗传、内分泌、营养及慢性疾病等多方面因素。理解这些因素有助于早期识别与干预，而非简单归因于“晚长”或“营养不足”。
遗传因素是影响身高的基础。父母身高对儿童终身高有显著影响，但遗传并非决定因素。若家族中存在多代身高偏矮的情况，后代出现类似情况的可能性较高。然而，基因表达可能受环境因素调控，例如表观遗传学研究发现，孕期营养状况可能影响胎儿基因的“开关”状态，进而影响生长潜力。
内分泌异常是导致矮小症的常见原因之一。生长激素(GH)分泌不足或作用障碍会直接影响骨骼生长板活性，导致生长速度减缓。甲状腺功能减退也可能引发身高增长停滞，因甲状腺激素对骨骼成熟与代谢至关重要。此外，性激素提前分泌(如性早熟)可能导致骨骺提前闭合，缩短生长周期。
营养与代谢问题需引起重视。长期蛋白质-能量营养不良会限制生长激素分泌，并影响骨骼肌与软骨发育。例如，偏食、挑食或家庭经济条件限制导致的饮食单一化，可能使儿童缺乏钙、磷、维生素D等关键营养素。慢性消化系统疾病(如乳糜泻、炎症性肠病)可能影响营养吸收，进一步加剧生长迟缓。
慢性疾病与综合征需综合评估。先天性心脏病、慢性肾病等疾病可能因代谢负担加重或炎症反应干扰生长因子分泌。染色体异常(如特纳综合征)或基因缺陷(如努南综合征)可能伴随特殊面容与多系统发育异常，身高偏矮仅为表现之一。
环境与社会因素同样不可忽视。长期精神压力(如家庭冲突、校园欺凌)可能通过神经内分泌途径抑制生长激素分泌。运动不足与睡眠缺乏也会影响身高增长，因运动刺激骨骼肌收缩，而深度睡眠阶段是生长激素分泌高峰期。
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