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扁平疣主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，尤其是HPV-3型和HPV-10型，其病因涉及多个方面：
1.皮肤破损：皮肤出现微小裂口、擦伤或抓痕时，HPV病毒可通过这些破损处侵入表皮细胞，尤其是基底细胞层。病毒DNA整合入宿主细胞基因组后，促使角质形成细胞过度增生，形成扁平丘疹。儿童因搔抓皮肤、成人剃须刮伤或蚊虫叮咬后，病毒更易侵入，导致疣体形成。
2.免疫力下降：长期熬夜、压力过大、患有免疫系统疾病（如艾滋病）或使用免疫抑制剂时，机体对HPV病毒的清除能力降低，病毒在表皮细胞内持续复制，形成多发性扁平疣。免疫力低下者疣体常数量多、病程长，且常规治疗效果较差。
3.直接与间接接触传播：与扁平疣患者皮肤直接接触，或共用毛巾、剃须刀等个人物品，可能导致病毒传播。病毒在潮湿环境中存活时间较长，公共场所如游泳池、健身房的地面、器械等也可能成为传播媒介。
4.遗传易感性：部分人群因HLA基因多态性，对HPV病毒清除能力较弱，易出现家族聚集性发病，疣体数量多且易复发。
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