引起功能性腹痛综合征的病因多种多样，不同患者之间很少有相同的病因。

功能性腹痛综合征发病多由不同原因导致，大脑-胃肠轴功能障碍，从而出现腹痛。早期不良的生活事件和社会心理应激，也容易导致产生疼痛感。遗传因素、机体敏感性，特别是应激事件可诱发功能性腹痛综合征。患者可能有腹部手术史、惊恐史、精神创伤史、痛经史等。外周神经损伤或中枢神经系统对疼痛的调节异常引起腹痛，常见于腹部手术或妊娠分娩时盆神经损伤。

此外，内脏敏感性增加是胃肠功能性疾病重要的病理生理改变之一。