跑步机赤脚跑步可能对足部关节和皮肤造成损伤，一般不建议长期采用这种方式。赤脚跑步的危害主要有足底筋膜炎、皮肤磨损、关节冲击损伤、细菌感染、足弓塌陷等。
赤脚跑步时足底筋膜缺乏缓冲，反复牵拉可能导致无菌性炎症。跑步机传送带硬度较高，长期赤脚跑步会加重足底筋膜负荷，出现晨起足跟刺痛、行走时足弓酸胀等症状。建议选择具有足弓支撑功能的专业跑鞋，跑步后可用网球滚动按摩足底。
跑步机传送带表面多为粗糙材质，赤脚接触易导致足底皮肤角质层增厚或皲裂。高速跑步时足部与传送带摩擦可能产生水泡，严重时会出现表皮剥脱。跑步前可涂抹凡士林保护皮肤，出现破损需及时消毒处理。
缺乏跑鞋减震系统时，膝关节和踝关节需直接承受跑步冲击力。数据显示赤脚跑步时胫骨承受压力增加，长期可能诱发应力性骨折或软骨磨损。体重基数较大者更应避免，可选择带有气垫缓冲的跑步鞋。
公共健身房跑步机表面可能残留汗液和皮屑，赤脚接触会增加真菌感染风险。足癣和甲癣病原体可通过皮肤微小伤口侵入，表现为足趾间糜烂或甲板增厚。使用前后应用酒精棉片擦拭跑台，居家跑步也建议穿着透气袜套。
先天性扁平足者赤脚跑步会加速足弓韧带松弛。跑步机持续传送带会改变自然步态，使足部过度内旋导致肌腱劳损。存在足部结构异常者应穿戴定制矫形鞋垫，并通过提踵训练强化胫骨后肌。
对于希望尝试赤脚跑步的人群，建议从短时间低速行走开始适应，逐步增加运动强度。运动后需重点检查足底是否有红肿破溃，出现持续疼痛应暂停训练。日常可进行足趾抓毛巾、踩按摩球等训练增强足部肌力，选择具有抗菌功能的五指袜能降低感染风险。体重超过标准值或存在糖尿病周围神经病变者，必须穿着专业跑鞋进行锻炼。
