如果睡眠中反复呼吸暂停，会导致体内氧气忽高忽低，间歇性低氧会损害多个器官。而且因为呼吸暂停时自救一定要从深度睡眠中醒来，深度睡眠明显减少，睡眠片段化。

如果这种情况持续下去，会对多个系统造成严重损害，甚至猝死。心血管系统常见损伤包括高血压、心力衰竭、心律失常、冠心病、肺动脉高压；神经系统包括中风、认知功能下降、神经退行性病变；胃食管反流是消化系统常见的；内分泌系统常见损伤包括肥胖、糖尿病和血脂异常。

此外，这类患者手术时麻醉风险很高，窒息的可能性更大，术后并发症更多。