根本上的区别主要在于疾病性质和病理生理机制的不同。

多囊卵巢综合征（PCOS）是一种复杂的内分泌及代谢异常所致的疾病，其根本原因是女性体内的激素分泌紊乱，尤其是雄激素分泌过多，这导致了排卵障碍和女性激素的紊乱。PCOS的病理生理机制涉及多个方面，包括遗传、环境、生活方式等因素的相互作用。

而卵巢多囊样改变则主要描述的是卵巢在B超检测下的形态变化，表现为卵巢体积增大，卵巢上有多个小卵泡，这种改变可能由多种因素引起，包括高雄激素血症、高胰岛素血症、胰岛素抵抗以及肾上腺功能亢进等。然而，卵巢多囊样改变并不一定等同于PCOS，它可能是PCOS的一个表现，也可能由其他因素引起。

因此，根本上的区别在于，多囊卵巢综合征是一种涉及激素分泌紊乱和代谢异常的复杂疾病，而卵巢多囊样改变则是卵巢形态上的一种可能表现，可能与多种因素有关。

多囊卵巢的诊断：(鹿特丹标准，是目前国际上通行的诊断标准)

多囊卵巢综合征的国际诊断以下三个标准中，符合两项并且排除其他可能引起高雄激素或排卵异常的疾病后，即可诊断为多囊卵巢综合征。

1.月经失调：表现为稀发排卵或无排卵，具体症状可能包括闭经、月经稀发、初潮2～3年不能建立规律月经，以及基础体温呈现单相。有时即使月经看似规律，也可能并非有排卵性月经。

2.高雄激素的临床和（或）生物化学征象：临床表现为多毛、痤疮等，生化表现则是血清中总睾酮、游离睾酮指数或游离睾酮高于实验室的正常参考值。

3.卵巢多囊性改变：B型超声检查显示，一侧或双侧卵巢上同一切面有直径2～9mm的卵泡数≥12个，和（或）卵巢体积≥10cm³。